AI e standard per i sistemi sanitari: FHIR, imaging, supporto decisionale clinico.
Il 21 aprile 2020 NVIDIA e King's College London hanno presentato MONAI, una libreria PyTorch che raccoglie in un solo posto le trasformazioni, le reti e le metriche che ogni laboratorio di imaging medicale fino a oggi riscriveva per conto proprio.
Leggi tuttoNote tecniche sull'applicazione di metodi di machine learning a coorti pediatriche con sindrome dell'intestino corto: la forma del dato clinico longitudinale, la definizione del target, il limite della bassa numerosità.
Leggi tuttoStato delle reti convoluzionali per la classificazione di lesioni cutanee a metà 2019: dove i benchmark pubblici tengono e dove l'integrazione in un flusso di laboratorio resta il problema aperto.
Leggi tuttoFHIR Release 4 (4.0.0, dicembre 2018) è la prima versione con contenuti Normative: API REST, formati XML/JSON, tipi di dato base e poche risorse cliniche escono dalla fase Trial Use con un impegno di retrocompatibilità. Nota tecnica sul perimetro del set Normative e su cosa cambia per chi costruisce sistemi clinici.
Leggi tuttoIl preprint nnU-Net (arXiv 1809.10486) sostiene che, per la segmentazione di immagini mediche, una U-Net standard ben configurata batte le varianti architetturali. Note sul data fingerprint, sulle tre configurazioni e sui risultati provvisori del Medical Segmentation Decathlon.
Leggi tuttoNel 2018 i modelli su cartelle cliniche e immagini diagnostiche battono le baseline di letteratura, ma il vincolo che decide tutto è il dato: scarsità, qualità, regime di trattamento e GDPR.
Leggi tuttoDal 25 maggio 2018 il trattamento dei dati sanitari parte da un divieto e da dieci deroghe tassative. La deroga dell'art. 9(2) che invochi decide chi accede al dato, dove può finire e quando un dataset clinico va tenuto separato da uno di ricerca.
Leggi tuttoLe terminologie cliniche controllate non sono intercambiabili: SNOMED CT descrive il quadro clinico, LOINC dà un nome a osservazioni e referti, ICD classifica per statistica e rimborso. Confini, licenze e adozione italiana al 2017.
Leggi tuttoLe fasi del sonno si ricavano da segnali fisiologici letti secondo regole codificate. Standard di scoring, formati di scambio dati, actigrafia e percorso regolatorio europeo per il software di analisi del sonno a inizio 2017.
Leggi tuttoStadiazione automatica del sonno fra le regole storiche sull'actigrafia e i classificatori sulle serie temporali polisonnografiche, con il vincolo dello sbilanciamento di classe e della validazione clinica.
Leggi tuttoLettura tecnica del Medical Imaging Interaction Toolkit alla release 2016.03: lo stack ITK + VTK, il DataStorage come modello dati condiviso, BlueBerry sopra il CTK Plugin Framework e i CppMicroServices, e i limiti che restano sul piano regolatorio.
Leggi tuttoLe regole tecniche del Fascicolo Sanitario Elettronico fissano un'architettura federata a documenti CDA R2 e profili IHE XDS.b/XCA, con INI come gateway di interoperabilità tra i FSE regionali.
Leggi tuttoUn Reference Model stabile sotto, gli archetipi in ADL governati dai clinici sopra. Come openEHR tiene distinto il modello software dai concetti clinici, e cosa costa e cosa rende sul piano dell'interoperabilità e della manutenzione.
Leggi tuttoFHIR DSTU 1 (v0.0.82) espone le entità cliniche come risorse REST in XML o JSON. Note di lettura sulle scelte di design rispetto a HL7 v2 e CDA R2.
Leggi tuttoLettura tecnica di DICOM nel 2013: modello a oggetti, SOP Class, servizi DIMSE, transfer syntax e il passaggio in corso verso i servizi REST WADO-RS, QIDO-RS e STOW-RS. Cosa si costruisce con i toolkit Open Source.
Leggi tuttoIl decreto legge 179/2012 dà al Fascicolo Sanitario Elettronico una base di legge nazionale e rimanda i contenuti operativi a un DPCM ancora da emanare. Cosa stabilisce l'articolo 12, come si appoggia al CAD e quali nodi tecnici restano aperti.
Leggi tuttoCome è fatto un messaggio HL7 v2: encoding pipe-delimited, segmenti, tipi di messaggio, trasporto MLLP, e perché la variabilità tra implementazioni è il costo vero dell'integrazione ospedaliera.
Leggi tuttoOpenCDS espone la logica clinica come web service HL7 DSS che riceve un virtual Medical Record e restituisce raccomandazioni strutturate, con Drools come motore di esecuzione. Nota tecnica su architettura, nodo dell'authoring e limiti al 2012.
Leggi tuttoNote sul paper JAMIA che descrive cTAKES (Savova et al., 2010): l'architettura ad annotator UIMA, il dictionary lookup su UMLS, la negazione con NegEx e le cifre dei componenti misurate sul corpus Mayo.
Leggi tuttoCome MetaMap della National Library of Medicine collega il testo biomedico in inglese ai Concept Unique Identifier del Metathesaurus UMLS: il pipeline a varianti lessicali e i limiti pratici su ambiguità, lingua e copertura.
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